История создания и становления Специального управления ФПС №88 МЧС России связана с историей строительства нового научного центра, ускорителя заряженных частиц и экспериментальных установок для проведения физических исследований с целью решения фундаментальных задач физики высоких энергий. 

В 1960 году в пяти километрах от устья реки  Протва  был вбит первый колышек, означавший начало строительства нового научно-исследовательского центра, с ускорителем заряженных частиц У-70 и установками для проведения физических исследований – Института физики высоких энергий (ИФВЭ) а вместе с ним и нового поселка, - впоследствии города Протвино.

Для обеспечения пожарной безопасности строительства уникального объекта требовалась принципиально новая и надежная система пожарной охраны, обеспеченная квалифицированными специалистами.

В связи с этим, 26 октября 1963 года распоряжением Совета Министров СССР № 2199-РС была создана военизированная пожарная часть № 310 (ВПЧ-310) по охране строящегося крупнейшего в мире ускорителя элементарных частиц входящая в составе Специального отдела ГУПО МВД СССР. Эта дата является Днем рождения сегодняшнего Специального управления ФПС № 88 МЧС России.

Численность личного состава ВПЧ-310 составляла 45 единиц. Штатное расписание предусматривало одну автоцистерну в боевом расчете и одну автоцистерну в резерве. Первым начальником части был назначен майор внутренней службы Ульянов Василий Степанович (1963 ÷ 1984).

С 16 июля 1969 года ВПЧ-310 преобразовано в ВПЧ-7 ИПО-7 ГУПО МВД СССР.

К 1967 году строительство основных объектов Института физики высоких энергий было успешно завершено, а 14 октября 1967 года в Институте был запущен крупнейший на то время в мире ускоритель протонов на энергию 70 ГэВ.

Одновременно со строительством ИФВЭ быстро растет поселок Протвино, который в 1989 году получил статус города областного подчинения.

В конце 1974 года было сдано в эксплуатацию здание пожарного депо на 6 выездов, в которое коллектив ВПЧ-7 переехал в начале 1975 года.

Одновременно строятся другие крупные предприятия – завод нестандартного оборудования (ЗНО), завод электромеханического оборудования (ЗЭМО) и другие, развивается стройиндустрия.

6 марта 1974 года, учитывая государственную важность объектов, расположенных на территории п. Протвино и г. Серпухове и повышенную пожарную опасность их технологических процессов производств, значительное увеличение производственных и складских площадей предприятий и поселка, были пересмотрены акты межведомственных комиссий по созданию подразделений пожарной охраны. Для осуществления функций Государственного пожарного надзора и руководства пожарными частями было принято решение организовать отряд военизированной пожарной охраны – ОВПО-11 в составе Управления пожарной охраны № 3 ГУПО МВД СССР. В состав ОВПО-11 (начальник подполковник внутренней службы Ульянов В.С.) вошли: ПЧ-7 по охране Института физики высоких энергий; ПЧ-78 по охране ЗЭМО и ЗНО; ПЧ-56 по охране Серпуховского радиотехнического завода (РТЗ), ПЧ-79 по охране Серпуховского завода «Металлист».

В соответствии с указанием Управления пожарной охраны № 3 №3/1205 от 25 августа 1983 года, ОВПО № 11 по вопросам оперативно-служебной деятельности, работы с кадрами, обеспечения личного состава вещевым и денежным довольствием подчинена инспекция пожарной охраны № 119 (впоследствии ПЧ-119) по охране Конструкторского бюро приборостроения (г. Тула) Министерства оборонной промышленности СССР.

Широкую известность получил проект сооружения в ИФВЭ ускорительно накопительного комплекса протонов (УНК) на энергию 3 ТэВ. В соответствии с Постановлением ЦК КПСС и СМ СССР от 16 июля 1987 года №831-196 «Об укреплении материально-технической базы исследований по физике высоких энергий и программе ее развития на период до 2000 года» началось интенсивное строительство наземных и подземных сооружений ускорительно-накопительного комплекса. Первая очередь УНК предусматривала строительство ускорителя протонов на энергию 400¸600 ГэВ (У-600) и включала в себя: кольцевой ускоритель длиной около 21 километра, размещенный в подземном тоннеле на глубине до 70 метров; подземный экспериментальный зал размерами 60х15х11 метров; канал инжекции протонов, соединяющий ускоритель У-70 с новым ускорителем; канал вывода пучков на внешние мишени и многочисленные здания инженерного обеспечения, расположенные на поверхности земли над подземными тоннелями.

Для обеспечения пожарной безопасности строительства такого объекта 18 апреля 1984 года в штаты ОВПО-11 были введены: военизированная пожарная часть №121 и штаб пожаротушения 3 разряда. 1 ноября 1984 года на базе ОВПО-11 создан Отдел пожарной охраны № 9 (ОПО-9 УПО-3 ГУПО МВД СССР). Отдел возглавил подполковник внутренней службы Бунин Евгений Иванович (1984 - 1993).

В 1989 году начать отделочные работы одновременно с монтажом технологического оборудования в подземной части УНК, что значительно увеличило пожарную опасность объекта. В 1990 году были начаты работы по созданию базы для строительства ускорительного комплекса встречных линейных электрон-позитронных пучков, удаленность которой от ближайшей ПЧ-121 около 20 км.

В целях обеспечения надежной противопожарной защиты этих объектов, руководствуясь актом межведомственной комиссии от 26 сентября 1987 года, предусматривающего развитие пожарной охраны в связи со строительством УНК, в соответствии с протоколом технического совещания по вопросу противопожарной охраны вновь строящейся подземной части УНК, при участии заместителя начальника ГУПО МВД СССР генерал-майора Соколова В.М., была создана военизированная пожарная часть первого разряда № 126. Штаты ПЧ № 126 были утверждены 30 апреля 1990 года с первоначальной численностью 23 единицы.

К концу 1993 года структура Отдела № 9 Управления № 3 ГПС МВД России имела следующий вид: аппарат отдела (13 единиц), дежурная служба пожаротушения 3 разряда (11единиц), пожарная часть № 7 (70 единиц), пожарная часть № 56 (49 единиц), пожарная часть № 78 (26 единиц), пожарная часть № 119 (5 единиц), пожарная часть №121 (82 единицы), пожарная часть №126 (60 единиц). Начальником отдела в декабре 1993 года назначен подполковник внутренней службы Лысенко Аркадий Степанович (1993 – 2003).

Из-за сложных экономических условий в стране программа УНК с середины 90-х годов перестала финансироваться, в связи с чем, строительство его с этого времени практически приостановлено. Пожарной охране в этих условиях так же пришлось претерпеть значительные сокращения.

В мае 1998 года за счет численности сокращаемых ПЧ № 121, ПЧ № 126 и ПЧ № 78, с целью оптимизации структуры, была создана специализированная часть № 121 численностью 99 единиц с функциями по охране объектов Минатома России – УНК ГНЦ ИФВЭ (подземной регулярной части и наземных сооружений, УС-620, ГП ЗЭМО, завода «Прогресс»), а также проведения аварийно-спасательных работ при пожарах и оказания первой доврачебной помощи. Были созданы отделение государственного пожарного надзора по городу Протвино и дежурная служба пожаротушения 2 разряда.

23 марта 1999 года штатное расписание Отдела ГПС № 9 Управления ГПС № 3 ГУ ГПС МВД России упразднено и утверждено штатное расписание органа управления и подразделений Отдела ГПС № 88 ГУГПС МВД России, самостоятельного отдела в структуре специальной пожарной охраны России. Начальником отдела назначен полковник внутренней службы Лысенко А.С.

С 2003 Отделом руководил полковник внутренней службы Сорокин Петр Александрович (2003 – 2008).

В 2006 году Отдел ГПС № 88 ГУГПС МВД России был переименован в Специальный отдел ФПС № 88 МЧС России.

С 2008 года начальником Специального отдела ФПС №88 МЧС России назначен полковник внутренней службы Рыбаков Роберт Геннадьевич (2008 – н.в).

В соответствии с приказом Министра Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий генерала армии Шойгу С.К. от 20 января 2009 года № 19 Специальный отдел ФПС № 88 МЧС России реорганизован в Специальное управление ФПС № 88 МЧС России с введением в структуру управления дополнительно трех специальных пожарных частей: СПЧ-1, 728, 729, ранее относящихся к  Специальному отделу ФПС № 703.

С 1 июня 2011 года приказом ДПСС МЧС России создана Специальная пожарная часть № 120.

В 2019 году в структуру управления введена специальная пожарно-спасательная часть № 67.

Таким образом а структуру Специального управления ФПС № 88 МЧС России входят: аппарат управления, отделение федерального государственного пожарного надзора, служба пожаротушения и 9 специальных пожарно-спасательных частей, дислоцированных в Московской, Калужской и Тульской областях.

Сегодня ФГКУ «Специальное управление ФПС № 88 МЧС России» – это боевой, слаженный коллектив, готовый выполнить любую задачу по предназначению, опираясь на высокий профессионализм, сплоченность, современное техническое оснащение.